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D環(huán)復(fù)制起點（d環(huán)復(fù)制方式）

發(fā)布時間：2023-05-22 03:20:28 稿源：創(chuàng)意嶺閱讀： 74

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關(guān)于滾環(huán)復(fù)制和D環(huán)復(fù)制的區(qū)別
DNA復(fù)制這節(jié)我沒聽的懂,半保留,?是啥.看了書,還是不太懂.重點在哪呀
關(guān)于DNA復(fù)制形式的問題

D環(huán)復(fù)制起點（d環(huán)復(fù)制方式）

關(guān)于滾環(huán)復(fù)制和D環(huán)復(fù)制的區(qū)別

滾環(huán)復(fù)制，如果不能再腦子里有一個正確的畫面的話，看文字真的會瘋掉，看二維圖也很難理解，怕自己理解的不對。
雙鏈環(huán)形DNA：其中一個環(huán)剪開一個切口（外面的環(huán)），切口的兩端，一端為3'端，一段為5‘端；這個時候里面的環(huán)是完整的，外面的環(huán)是有一個缺口的。5‘端為解鏈端，3'端為新鏈合成延長端（注意，新鏈?zhǔn)沁B接在原來被剪開的那條不完整的鏈的3‘端，就是指在3’端延長）。這樣就以完整的環(huán)（里面那個環(huán)）為模板，外面這個環(huán)5'端不斷解開，然后在3‘端不斷復(fù)制新的鏈，你可以理解為它可以一直復(fù)制下去，所以，它可以復(fù)制出的新鏈可以比原來的長很多倍。最后的形狀是，里面一個完整環(huán)，外面一個有缺口的環(huán)（這個形狀其實就是復(fù)制前，外環(huán)剪開后的形狀，形狀是沒有變，但這個鏈其實已經(jīng)被新合成的鏈取代了），不同的是，由于復(fù)制了很長的新鏈，所以5'端解開了很長的鏈，外面的環(huán)上在5‘端連了一條長長的尾巴。

DNA復(fù)制這節(jié)我沒聽的懂,半保留,?是啥.看了書,還是不太懂.重點在哪呀

DNA的復(fù)制（摘自華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 生物化學(xué)系豐明乾教授的生物化學(xué)筆記）
生物體的遺傳信息儲存在DNA中，并通過DNA的復(fù)制由親代傳給子代。在子代的生長發(fā)育中遺傳信息自DNA轉(zhuǎn)錄給RNA，然后翻譯成蛋白質(zhì)以執(zhí)行各種生命功能，使后代表現(xiàn)出與親代相似的遺傳性狀。
1958年，F(xiàn).Crick提出中心法則：
（1）以原DNA分子為模板，合成出相同DNA分子的過程。
（2）以某一段DNA分子為模板，合成出與其序列對應(yīng)的RNA分子的過程。
（3）以mRNA為模板，根據(jù)三聯(lián)密碼規(guī)則，合成對應(yīng)蛋白質(zhì)的過程。
中心法則揭示了生物體內(nèi)遺傳信息的傳遞方向。
DNA生物合成有兩種方式：DNA復(fù)制和反轉(zhuǎn)錄
DNA體內(nèi)復(fù)制涉及：原核、真核生物的染色體、細(xì)菌質(zhì)粒（環(huán)狀，雙鏈）、真核細(xì)胞器DNA（線粒體、葉綠體）、病毒（雙鏈，環(huán)狀）
DNA的體外復(fù)制：分子克隆。
第一節(jié) DNA的復(fù)制
一、 DNA半保留復(fù)制
1953年，Watson和Crick在提出DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)模型時就推測DNA可能按照半保留機制進行自我復(fù)制。
P321 圖191 Watson和Crick提出的DNA雙螺旋復(fù)制模型
在復(fù)制過程中，首先親代雙鏈解開，然后每條鏈作為模板，在其上合成互補的子代鏈，結(jié)果新形成的兩個子代DNA與親代DNA分子的堿基順序完全一樣，而且每個子代DNA分子中有一條鏈完全來自親代DNA，另一條是新合成的。
1958年，Meselson和Stahl用15N標(biāo)記E.coli. DNA，證明了DNA的復(fù)制是半保留復(fù)制。
P322 圖19-2 DNA的半保留復(fù)制。
1963年，Cairns用放射自顯影法，在顯微鏡下首次觀察到完整的正在復(fù)制的E. coli. 染色體DNA。
P323 圖 19-3
3H-脫氧胸苷標(biāo)記E.coli. DNA ，經(jīng)過將近兩代時間，用溶菌酶消化細(xì)胞壁，將E.coli. DNA轉(zhuǎn)至膜上，干燥，壓感光膠片，3H放出β粒子，還原銀，在光學(xué)顯微鏡下觀察。用這種方法證明了大腸桿菌染色體DNA是一個環(huán)狀分子，并以半保留的形式進行復(fù)制。
DNA的半保留復(fù)制可以說明DNA在代謝上的穩(wěn)定性。經(jīng)過多代復(fù)制，DNA的多核苷酸鏈仍可以保持完整，并存在于后代而不被分解掉。
二、復(fù)制起點、單位和方向
DNA的復(fù)制是在起始階段進行控制的，一旦復(fù)制起始，它就會繼續(xù)下去直到整個復(fù)制子完成復(fù)制。
1、復(fù)制起點
復(fù)制起點是以一條鏈為模板起始DNA合成的一段序列。有時，兩條鏈的復(fù)制起點并不總是在同一點上（如D環(huán)復(fù)制）。
在一個完整的細(xì)胞周期中，每一個復(fù)制起點只使用一次，完成一次復(fù)制過程。
多數(shù)生物的復(fù)制起點，都是DNA呼吸作用強烈（甲醛變性實驗）的區(qū)段，即經(jīng)常開放的區(qū)段，富含A.T。
★環(huán)狀DNA復(fù)制起點的確定方法
P325 圖19-6
★復(fù)制起點的克隆和功能分析——重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)化法
大腸桿菌的復(fù)制起點oriC區(qū)1Kb的重組質(zhì)粒在轉(zhuǎn)化子中的復(fù)制行為與其染色體一樣，受到嚴(yán)密控制，每個細(xì)胞只有1-2個拷貝，用核酸外切酶縮短oriC克隆片段的大小，最后得到245bp的基本功能區(qū)，攜帶它的質(zhì)粒依然能夠自我復(fù)制，拷貝數(shù)可以增加到20以上，這說明發(fā)動復(fù)制的序列在245bp的基本功能區(qū)，而決定拷貝數(shù)的序列在基本功能區(qū)之外和1Kb之間。
鼠傷寒沙門氏菌的起點位于一段296bp的DNA片段上，與大腸桿菌的復(fù)制起始區(qū)有86%同源性，而且有些親緣關(guān)系較遠的細(xì)菌，其復(fù)制起點在大腸桿菌中亦能起作用。因此，復(fù)制起始區(qū)的結(jié)構(gòu)可能是很保守的。
起始序列含有一系列對稱的反向重復(fù)和某些短的成簇的保守序列。
2、復(fù)制單位
復(fù)制子(Replicon)：Genome能獨立進行復(fù)制的單位，每個復(fù)制子都含有一個復(fù)制起點。
原核生物的染色體和質(zhì)粒、真核生物的細(xì)胞器DNA都是環(huán)狀雙鏈分子，它們都是單復(fù)制子，都在一個固定的起點開始復(fù)制，復(fù)制方向大多數(shù)是雙向的，少數(shù)是單向復(fù)制。多數(shù)是對稱復(fù)制，少數(shù)是不對稱復(fù)制（一條鏈復(fù)制后才進行另一條鏈的復(fù)制）。
環(huán)狀DNA的復(fù)制眼象θ，稱θ形復(fù)制。
真核生物的染色體DNA是線形雙鏈分子，含有許多復(fù)制起點，因此是多復(fù)制子，每個復(fù)制子約有100-200Kbp。人體細(xì)胞平均每個染色體含有1000個復(fù)制子。
病毒DNA多種多樣，環(huán)狀或線形，雙鏈或單鏈，但都是單復(fù)制子。
3、復(fù)制方向
定點起始，復(fù)制方向大多數(shù)是雙向的（等速進行或異速進行），形成兩個復(fù)制叉，少數(shù)是單向復(fù)制，形成一個復(fù)制叉。
★用放射自顯影實驗判斷DNA的復(fù)制方向及速度
低放射性3H-脫氧胸苷
高放射性3H-脫氧胸苷
a. 單向
b. 雙向等速三種結(jié)果圖形
c. 雙向異速
E.coli.的一個溫度敏感株，在42℃時，能使DNA在完成復(fù)制后，不再開始新的復(fù)制過程，而在25℃時復(fù)制功又能能恢復(fù)。
4、 DNA的幾種復(fù)制方式
（1）、直線雙向復(fù)制
單點，雙向，T7
多點，雙向，真核染色體DNA
（2）、 θ型復(fù)制：環(huán)狀雙鏈DNA，單向或雙向（E .coli.）
（3）、滾環(huán)復(fù)制：環(huán)狀單鏈DNA，Φx174
（4）、 D環(huán)復(fù)制：線粒體、葉綠體DNA
（5）、多復(fù)制叉復(fù)制：
第一輪復(fù)制尚未完成，復(fù)制起點就開始第二輪的復(fù)制。
在E.coli.富營養(yǎng)時，可采取多復(fù)制叉復(fù)制方式。E.coli. DNA的復(fù)制最快可達50Kb/min，完全復(fù)制需40min，富營養(yǎng)時，20min分裂。而真核染色體要6-8小時。
三、與DNA復(fù)制有關(guān)的酶及蛋白質(zhì)因子
目前已發(fā)現(xiàn)30多種酶及蛋白質(zhì)因子參與DNA復(fù)制
（一） DNA的聚合反應(yīng)和聚合酶
DNA生物合成5，→3，，化學(xué)合成3，→5，
1、 DNA聚合反應(yīng)必備的條件
⑴ DNA聚合酶
⑵ DNA模板(反轉(zhuǎn)錄時用RNA模板)
⑶引物 (DNA、RNA或蛋白質(zhì))
⑷ 4種dNTP
⑸ Mg2+
2、聚合反應(yīng)過程及特點
總反應(yīng)式：
n1dATP DNA pol . dAMP
n2dGTP +DNA dGMP DNA+（n1+n2+n3+n4）PPi
n3dCTP Mg2+ dCMP
n4dTTP dTMP
P329 圖19-10 P330圖19-11
在鏈的延長過程中，鏈的游離3，-羥基，對進入的脫氧核糖核苷三磷酸α磷原子發(fā)生親核攻擊，生成3，.5，-磷酸二酯鍵，并脫下焦磷酸。
DNA聚合酶的反應(yīng)特點：
⑴ 以4種dNTP為底物
⑵ 反應(yīng)需要接受模板的指導(dǎo)，不能催化游離的dNTP的聚合。
⑶ 反應(yīng)需有引物3，-羥基存在
⑷ 鏈生長方向5， → 3，
⑸ 產(chǎn)物DNA的性質(zhì)與模板相同
3、由DNA聚合酶催化的幾種DNA聚合類型
P331圖19-12
（1）發(fā)莢環(huán)結(jié)構(gòu)：加入單鏈DNA作為模板和引物，3’羥基端回折成引物鏈。
（2）末端延伸聚合：加入雙鏈DNA作為模板和引物，3’末端突出作為模板。
（3）分枝型和切口平移型聚合：加入雙鏈DNA，聚合發(fā)生在切口或末端單鏈區(qū)。
（4）環(huán)形聚合：加入帶引物的環(huán)形DNA作為模板。
4、 E.coli DNA聚合酶
（1）、 E.coli. DNA pol.I（Kornberg酶，400 copy/cell）
單體酶，分子量109Kd，含一個Zn2+，每個細(xì)胞中含400個DNA pol.Ⅰ
催化活性：
5， → 3，聚合活性
3， → 5，外切活性
5， → 3，外切活性
用蛋白水解酶將DNA pol.Ⅰ部分水解可得：
大片段（Klenow），75Kd，活性：5， → 3，聚合活性、3， → 5，外切活性。
小片段，36Kd，活性：5， → 3，外切活性（只作用于雙鏈DNA的堿基配對部分，切除修復(fù)）。
Klenow片段的用途：
a 補齊DNA 3，隱縮未端
b. 標(biāo)記DNA片段未端
c．cDNA合成第二鏈
d．d DNA測序
（2）、 E.coli. DNA Pol.Ⅱ（100 copy/cell）
單體酶，分子量120Kd
催化活性：5，→ 3，聚合(活性很低)
3，→ 5，外切
可能在DNA的修復(fù)中起某中作用。
（3）、 E.coli.DNA pol.Ⅲ（復(fù)制酶，10-20 copy/cell）
寡聚酶，全酶由10種共22個亞基組成，α、ε和θ三種亞基組成核心酶。
P334表10-3
DNA pol.Ⅲ是合成新鏈DNA主要的酶，又稱復(fù)制酶(Replicase)
Pol.Ⅲ的5，→3，外切酶活性只作用于單鏈DNA。
P334 表19-2 E.coli三種DNA聚合酶的性質(zhì)比較
★DNA聚合酶有6個結(jié)合位點
⑴ 模板DNA結(jié)合位點
⑵ 引物結(jié)合位點
⑶ 引物3，-OH位點、反應(yīng)位點
⑷ 底物dNTP結(jié)合位點
⑸ 5， → 3，外切位點(pol.Ⅱ沒有)
⑹ 3， → 5，外切位點(校正)
5、真核生物DNA聚合酶
P334 表19-4 真核生物DNA聚合酶
真核DNA聚合酶一般不具備外切活力，可能由另外的酶在DNA復(fù)制中起校正功能。
⑴ DNA聚合酶α，多亞基，功能與E.coli. pol.Ⅲ類似，是真核DNA復(fù)制酶。
⑵ DNA聚合酶β，主要在DNA損傷的修復(fù)中起作用。
⑶ DNA聚合酶γ，從線粒體得到，可能與線粒體DNA的復(fù)制有關(guān)。
⑷ DNA聚合酶δ，特點：有3， → 5，外切活力。
（二）引物酶或RNA聚合酶（引發(fā)酶）
細(xì)胞內(nèi)，DNA的復(fù)制需要引物（DNA或RNA），引物酶或RNA聚合酶可合成6-10個堿基的RNA引物。
★DNA復(fù)制為什么要用RNA引物？（為什么DNA聚合酶要用引物，RNA聚合酶不需要引物？）
P338
⑴從模板復(fù)制最初幾個核酸時，堿基堆集力和氫鍵都較弱，易發(fā)生錯配
⑵新復(fù)制的最初幾個核苷酸，沒有與模板形成穩(wěn)定雙鏈，DNA聚合酶的5，→3，校對功能難發(fā)揮作用。
（三）解螺旋酶
大腸桿菌的解螺旋酶Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ與rep蛋白共同作用，將DNA兩條鏈解開。
解螺旋酶I、II、III沿著模板鏈的5’→3’方向隨著復(fù)制叉的前進而移動，而rep蛋白則在另一條模板鏈上沿3’→5’方向移動。
（四） DNA旋轉(zhuǎn)酶
屬DNA拓?fù)洚悩?gòu)酶Ⅱ，可引入負(fù)超螺旋，消除復(fù)制叉前進時帶來的扭曲張力。
拓?fù)洚悩?gòu)酶分兩類：I和II，廣泛存在于原核生物和真核生物。
拓?fù)洚悩?gòu)酶I使DNA的一條鏈發(fā)生斷裂和再連接，反應(yīng)無須供給能量，主要集中在活性轉(zhuǎn)錄區(qū)，與轉(zhuǎn)錄有關(guān)。
拓?fù)洚悩?gòu)酶Ⅱ使DNA的兩條鏈同時斷裂和再連接，當(dāng)它引入超螺旋時需要由ATP供給能量。分布在染色質(zhì)骨架蛋白和核基質(zhì)部，與復(fù)制有關(guān)。
（五）單鏈DNA結(jié)合蛋白（SSB）
復(fù)制叉上的解螺旋酶，沿雙鏈DNA前進，產(chǎn)生單鏈區(qū)，大量的單鏈DNA結(jié)合蛋白與單鏈區(qū)結(jié)合，阻止復(fù)性和保護單鏈DNA不被核酸酶降解。
（六） DNA連接酶（ligase）
連接雙鏈DNA上的切口。
大腸桿菌連接酶只能在模板上連接DNA缺口。T4DNA ligase即可連接粘性末端的DNA，又可連接平齊末端的雙鏈DNA。
E.coli.和其它細(xì)菌的DNA ligase以NAD為能源，動物細(xì)胞和噬菌體DNA ligase以ATP為能源。
（七） DNA復(fù)制的拓?fù)浣Y(jié)構(gòu)
P338-339
四、 DNA的半不連續(xù)復(fù)制
P336 圖19-15 DNA的半不連續(xù)復(fù)制
DNA聚合酶催化的方向是5，→3，。
前導(dǎo)鏈：
滯后鏈：
1968年，發(fā)現(xiàn)岡崎片段。長度：
細(xì)菌：1Kb-2Kb，相當(dāng)于一個順反子的大小。
真核：100-200bp，約等于一個核小體DNA的長度。
五、 DNA復(fù)制過程（E.coli.）
P342 圖19-17 大腸桿菌的復(fù)制體結(jié)構(gòu)示意圖
1、復(fù)制的起始
引發(fā)：當(dāng)DNA的雙螺旋解開后，合成RNA引物的過程。
引發(fā)體：引物合成酶與各種蛋白質(zhì)因子（dnaB、dnaC、n、n’n’’I）構(gòu)成的復(fù)合體，負(fù)責(zé)RNA引物的合成。
引發(fā)體沿著模板鏈5’→3’方向移動（與岡崎片段合成的方向正好相反，而與復(fù)制叉移動的方向相同），移到一定位置上即可引發(fā)RNA引物的合成。
E.coli.DNA復(fù)制原點ori C，由245bp組成，三組13bp重復(fù)序列（近5，端處），四組9 bp重復(fù)序列（另一端處）。
圖
大腸桿菌復(fù)制原點起始復(fù)制所需蛋白質(zhì)：
DNaA 在原點處打開雙螺旋
DNaB 使DNA解旋
DNaC DNaB結(jié)合在原點所需
Hu 刺激起始
引物酶（DNaG）合成RNA引物
SSB 結(jié)合單鏈DNA
RNA聚合酶促進DNaA活性
旋轉(zhuǎn)酶松馳DNA扭曲應(yīng)力
20個DnaA結(jié)合在四組9bp重復(fù)區(qū)，形成起始復(fù)合物，DNA環(huán)繞此復(fù)合物。
三組13bp重復(fù)區(qū)依次變性，產(chǎn)生開放型復(fù)合物。
DnaB（在DnaC協(xié)助下）與開放復(fù)合物結(jié)合，進一步解鏈。
2、 DNA鏈的延長反應(yīng)
前導(dǎo)鏈只需要一個RNA引物，后隨鏈的每一個岡崎片段都需要一個RNA引物，鏈的延長反應(yīng)由DNA pol.Ⅲ催化。
復(fù)制體：在DNA合成的生長點（既復(fù)制叉上）分布著許多與復(fù)制有關(guān)的酶和輔助因子，它們在DNA的模板鏈形成離散的復(fù)合物，彼此配合進行高度精確的復(fù)制，稱為復(fù)制體。
復(fù)制體沿著復(fù)制叉方向前進就合成DNA。
3、 RNA引物的切除及缺口補齊
DNA polⅠ的5， → 3，外切活力，切除RNA引物。
DNApolⅠ的5， → 3，合成活性補齊缺口。
4、 DNA切口的連接
DNA ligase，動物、真核由ATP供能，原核由NAD供能。
5、 DNA合成的終止
環(huán)狀DNA、線性DNA，復(fù)制叉相遇即終止。
 小結(jié)：
⑴ DNA解螺旋酶解開雙鏈DNA。
⑵ SSB結(jié)合于DNA單鏈。
⑶ DNA旋轉(zhuǎn)酶引入負(fù)超螺旋，消除復(fù)制叉前進時帶來的扭曲張力。
⑷ DNA引物酶(在引發(fā)體中)合成RNA引物。
⑸ DNA pol.Ⅲ在兩條新生鏈上合成DNA。
⑹ DNA polⅠ切除RNA引物，并補上DNA。
⑺ DNA ligase連接一個岡崎片段。
DNA復(fù)制過程中，聚合酶對dTTP和dUTP的分辨能力高,有少量dUTP摻入DNA鏈中，此時，U-糖苷酶、AP內(nèi)切酶、DNA polⅠ、DNA ligase共同作用，切除尿嘧啶，接上正確的堿基。
六、真核生物DNA的復(fù)制 P343
1、復(fù)制起點和單位
真核生物染色體DNA是多復(fù)制子，有多個復(fù)制起點，可以多點起始，分段進行復(fù)制。每個復(fù)制子大多在100-200bp之間，比細(xì)菌染色體DNA（單復(fù)制子）小得多。
★試驗證據(jù)：5-氟脫氧胞苷標(biāo)記
真核生物DNA復(fù)制叉移動的速度此原核的慢，如哺乳動物復(fù)制叉移動的速度每分鐘1-3Kb，細(xì)菌每分鐘5Kb。
真核生物染色體全部復(fù)制完成前，起點不再從新開始復(fù)制。而在快速生長的原核生物中，起點可以連續(xù)發(fā)動復(fù)制。真核生物在快速生長時，可采用更多的復(fù)制起點同時復(fù)制。如黑腹果蠅，早期胚胎細(xì)胞中相鄰復(fù)制起點的平均距離為7.9kb，而在培養(yǎng)的成體細(xì)胞中，平均距離為40kb，成體細(xì)胞只利用一部分復(fù)制起點。
2、復(fù)制過程中組蛋白的裝配
核小體的結(jié)構(gòu)（200bp左右）
在真核生物的復(fù)制子上，親代染色體的核小體被逐個打開，組蛋白以完整的八聚體形式直接轉(zhuǎn)移到子代DNA的前導(dǎo)鏈上，新合成的組蛋白與后隨鏈組裝成核小體。因此，DNA的復(fù)制是半保留的，而組蛋白則是全保留的。
★試驗證據(jù)：環(huán)己酮亞胺抑制組蛋白合成，電子顯微鏡下觀察
3、真核生物DNA復(fù)制的終止
端粒：一段DNA序列與蛋白質(zhì)形成的一種復(fù)合體，是真核細(xì)胞染色體末端所特有的結(jié)構(gòu)。
功能：
⑴保證線性DNA的完整復(fù)制
⑵保護染色體末端
⑶決定細(xì)胞壽命，胚系細(xì)胞含端粒酶，體細(xì)胞不表達端粒酶。
端粒（telomeres）分布于線性真核染色體未端。酵母端粒約100bp的重復(fù)序列，形式為：5，（TxGy）n3，(AxCy) n，x和y一般為1—4。
端粒末端的重復(fù)序列，通過端粒酶（telomerase）將其加到染色體末端。
端粒酶含有RNA和蛋白質(zhì)（起DNA聚合酶的作用）兩種組分，RNA分子約159b，含有多個CyAx重復(fù)序列，RNA分子用作端粒TxGy鏈合成的模板。端粒酶是一種反轉(zhuǎn)錄酶，它只合成與酶自身的RNA模板互補的DNA片段。
人類體細(xì)胞的端粒長度，隨個體年齡增加而逐漸縮短。細(xì)胞每分裂一次，端?？s短50-200bp，短至1-4Kbp時，細(xì)胞就停止分裂。若能重建端粒，則細(xì)胞可以永遠分裂。惡性腫瘤細(xì)胞端酶表達多。
⑴雜交
圖
⑵聚合
圖
⑶轉(zhuǎn)位再雜交
圖
⑷進一步聚合
圖
⑸非標(biāo)準(zhǔn)GG配對
圖

七、 DNA復(fù)制的調(diào)控
八、 DNA復(fù)制的真實性
《楊岐生》P144
生物體DNA復(fù)制具有高度真實性，復(fù)制107-1011堿基對,只有一個錯誤堿基。
堿基對的自由能通常在4-13KJ/mol，這樣的自由能相當(dāng)于平均參入100個核苷酸就可能出現(xiàn)一次錯配，僅靠Watson-Crick雙螺旋的堿基配對原則，突變率將高達10-2 。
1、 DNA聚合酶對堿基的選擇作用
酶的被動論：不同的核苷酸在聚合位點停留時間不同，正確的dNTP能長時間停留，而參與聚合。DNA聚合酶能依照模板的核苷酸，選擇正確的dNTP摻入引物末端。
酶積極參與理論：DNA聚合酶對正確與錯誤的核苷酸，不僅親和性不同，而且將它們插入DNA引物端的速度也不同。
動力學(xué)校正閱讀：在新的磷酸二酯鍵未形成時，dNTP結(jié)合在酶與模板—引物復(fù)合物的聚合位點上，DNA聚合酶能識別正確與錯誤的dNTP。
DNA聚合酶對底物的識別作用，DNA聚合酶有兩種底物，一種是DNA模板—引物，另一種是dNTP。
DNA聚合酶先識別DNA模板和引物的3，未端，再識別底物dNTP，是一種有序的識別過程。
2、 3，→5，外切活性的校正閱讀
E. coli. DNA pol.Ⅰ和pol.Ⅲ有3，→5，外切活性，可刪除錯誤插入的核苷酸。
缺失3， →5，外切活性的E. coli. DNA pol.Ⅰ，催化DNA合成時，出現(xiàn)錯誤的幾率增高5-50倍。因此，3，→5，外切活性可以使DNA復(fù)制的真實性，提高1-2個數(shù)量級。
圖
3、影響DNA合成真實性的因素
⑴高濃度NMP(如3，-AMP, 5，-GMP)
NMP競爭酶的dNTP結(jié)合位點，抑制3，→5，外切活性。
⑵某一種dNTP濃度銀高,可使引物3，末端離開外切活性中心。
⑶dNTP 一般與二價陽離子結(jié)合成活化形式，Mg2+為主要的二價陽離子。當(dāng)用其它二價陽離子（如Mn2+）代替Mg2+時，會改變酶的主體結(jié)構(gòu)，影響聚合活性和3，→3，外切活性。
4、為什么用RNA引物
⑴從模板復(fù)制最初幾個核酸時，堿基堆集力和氫鍵都較弱，易發(fā)生錯配
⑵新復(fù)制的最初幾個核苷酸，沒有與模板形成穩(wěn)定雙鏈，DNA聚合酶的5，→3，校對功能難發(fā)揮作用。

關(guān)于DNA復(fù)制形式的問題

二者都是環(huán)狀雙鏈DNA的復(fù)制方式。
θ型：大腸桿菌基因組的復(fù)制原點位于天冬酰胺合酶和ATP合酶操縱子之間，全長245bp，稱為OriC。它富含AT，并含有多個短的重復(fù)序列，能夠被復(fù)制起點結(jié)合蛋白識別。復(fù)制的起點涉及DNA雙鏈的解旋和松開，形成兩個方向相反的復(fù)制叉，前導(dǎo)鏈DNA開始復(fù)制前，復(fù)制原點的核酸序列被轉(zhuǎn)錄生成短RNA鏈，作為DNA復(fù)制的引物。
D環(huán)：是單向復(fù)制的一種特殊方式，首先在動物線粒體DNA復(fù)制中被發(fā)現(xiàn)，雙鏈環(huán)在固定點解開進行復(fù)制，但是兩條鏈合成高度不對稱，最初僅以一條母鏈作為新鏈模板迅速合成互補鏈，另一條鏈游離成為單環(huán)鏈，單個D環(huán)結(jié)構(gòu)在哺乳動物線粒體中是一段開放的500-600堿基序列，維持D環(huán)結(jié)構(gòu)的短鏈?zhǔn)遣环€(wěn)定的，常被解鏈和重新合成以維持該位點的雙鏈開環(huán)結(jié)構(gòu)，有些線粒體DNA擁有幾個D環(huán)結(jié)構(gòu)，反映出細(xì)胞有多個起始點。葉綠體DNA也采用同樣的機制。高等植物葉綠體DNA有兩個D環(huán)結(jié)構(gòu)

參考資料：現(xiàn)代分子生物學(xué)（第三版）高等教育出版社

D環(huán)復(fù)制起點（d環(huán)復(fù)制方式）