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SEQ工程師（seq工程師是什么意思）

發(fā)布時間：2023-04-07 10:08:59 稿源：創(chuàng)意嶺閱讀： 143

大家好！今天讓創(chuàng)意嶺的小編來大家介紹下關(guān)于SEQ工程師的問題，以下是小編對此問題的歸納整理，讓我們一起來看看吧。

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本文目錄:

1、我的音效控制件不見了怎么找回來
2、單細(xì)胞好文1--Tracing tumorigenesis in a solid tumor model at single-cell resolution
3、爆震傳感器怎么測量好壞呀？
4、軟件更新問題

SEQ工程師（seq工程師是什么意思）

一、我的音效控制件不見了怎么找回來

您好，您可以卸載當(dāng)前聲卡驅(qū)動，重啟電腦，下載最新的聲卡驅(qū)動安裝試試看

驅(qū)動下載：

看一下主機后面的主機編號，然后到下列網(wǎng)址，在頁面中間第一個對話框把編號輸入查找

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二、單細(xì)胞好文1--Tracing tumorigenesis in a solid tumor model at single-cell resolution

我在2019年3月份寫過一篇這樣的文章（一文讀懂scRNA-Seq）到底要花多久時間才能看懂一套單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)結(jié)果？，并在文末許諾，對PPT感興趣的小伙伴可以留言詢要PPT。沒想到后來有陸陸續(xù)續(xù)超過幾十個人留下了郵箱，這時候發(fā)現(xiàn)事情大條了。那篇文章是我第一次認(rèn)真看的單細(xì)胞文章，可以說是什么都不懂，因此看了有超過十個小時，看的時候還查專業(yè)詞匯和背景知識，可見那一文必然非常青澀。時常覺得自己對不起這幾十個讀者的信任，非常擔(dān)心自己并沒有提供什么好的學(xué)習(xí)經(jīng)驗，因此早早打定主意說要重新寫一篇，讓大家看到單細(xì)胞的文章其實也并非那么簡單，體會到單細(xì)胞的美。

這里仍然會按照之前提到的看文獻(xiàn)方法：老板親自傳授的文獻(xiàn)閱讀方法來準(zhǔn)備這篇文獻(xiàn)解讀。廢話不多說，開始吧。

文章標(biāo)題囊括了三個熱點：tracing tumorigenesis，tumor model，single-cell resolution

1. tumorigenesis ：腫瘤發(fā)生是一個非常細(xì)微且難以察覺的事件，其具體進(jìn)程如下圖所示。腫瘤的發(fā)生非常難以檢測，并且缺少臨床樣本。因此，tracing tumorigenesis 還有許多未知且絕對是腫瘤學(xué)的熱點之一。

2. tumor model ：腫瘤的研究離不開好的模型。目前我們知道的腫瘤研究模型有： 腫瘤細(xì)胞系，原代細(xì)胞系，CDX，PDX，基因工程小鼠，包括最近大火的organoid等等 。這些研究模型各有利弊， PDX和基因工程小鼠，其中某些基因工程小鼠的表現(xiàn)十分優(yōu)異 ，例如鄧初夏教授培育的：Brca1 ﬂox/ﬂox ; MMTV-Cre mice （帶有Brca1 exon11的缺失，可自發(fā)形成乳腺癌）。那么這篇文章其實是基于作者團隊的前期研究結(jié)果來進(jìn)行的，他們在前期的時候構(gòu)建了 K14-cre-β-catGOF Bmpr1aLOF mice （gain of function of β-catenin; loss of function of Bmpr1a ），這種小鼠可以自發(fā)發(fā)生特異性的 salivary gland head and neck squamous cell carcinomas (SCCs)，即唾液腺頭頸部鱗癌。擁有這樣的腫瘤模型小鼠，他們在自己的領(lǐng)域上就沒有人可以跟上了。

3. single-cell resolution ：無需多做解釋

再次提一下我看文的思路：

常規(guī)套路：（1）某某癌癥是非常嚴(yán)重的疾??；（2）某某基因、蛋白在這個癌癥中起很大的作用， But ，它在某個過程中的作用尚未明確；（3）某某過程是在腫瘤發(fā)生中非常關(guān)鍵， But ，我們目前對它還知之甚少。。。。。。

本文提到：腫瘤發(fā)生過程是對腫瘤治療研究的非常重要的一步，但是目前我們對腫瘤發(fā)生這個起點知道的太少了。雖然patient samples可提供巨量的信息， But ，由于腫瘤樣本的異質(zhì)性以及疾病的復(fù)雜性，樣本常常是混雜的多期腫瘤細(xì)胞，并已丟失tumorigenesis階段的信息，因此，合理的tumor model和對照十分重要。正好作者的前期研究發(fā)現(xiàn)：某基因、信號通路對salivary gland SSCs的發(fā)生起非常重要的作用，并創(chuàng)建了相應(yīng)的腫瘤模型，因此打算來個高精度的研究，探一探這腫瘤發(fā)生的究竟

略

hypothesis高度濃縮了預(yù)期的結(jié)果，要求不僅僅看摘要，還要了解introduction。Introduction是文章中非常寶貴的一段，這是作者思路的集中體現(xiàn)，同時我們也可以通過認(rèn)真閱讀來快速了解作者這一領(lǐng)域的大致情況。這比自己瘋狂找十篇文章來看要高效得多。當(dāng)然有時候別人引用文獻(xiàn)只是提及其中小小一點，不能代替被引文獻(xiàn)的全貌，因此只能說是大致了解用，真正要了解還得下苦功。

Hypothesis：

重要的實驗設(shè)計、材料、方法非常重要，不然無法理解文章結(jié)果從何而來，這邊我一般是先一掃而過method，然后再結(jié)合結(jié)果來看那些我無法理解的實驗結(jié)果。

1. Mouse strains：介紹小鼠的基本情況，以及雜交培育設(shè)計，略。

2. Tissue dissociation and single-cell sample preparation

3. Drop-seq procedure, single-cell and bulk library generation, and sequencing

4. CITE-seq experiments

5. Immunostainings

6. Processing and analysis of single-cell RNA-seq data ，生信工程師上場，原文寫得非常非常詳細(xì)。

框架：

(1) Single-cell RNA sequencing of salivary gland tumors.

(2) A comprehensive salivary gland cell atlas.

(3) Identiﬁcation of cancer stem cells and other tumor-speciﬁc cell populations.

(4) Simultaneous quantiﬁcation of mRNA and cell surface proteins resolves immune cell diversity.

(5) Subclustering reveals two subpopulations of cancer stem and basal cells.

(6) Computational lineage analyses reconstruct tumorigenesis.

這部分涉及到樣本準(zhǔn)備的方法，還有測序數(shù)據(jù)的基本情況。主要目的是：證明樣本、數(shù)據(jù)質(zhì)量合格。這里的標(biāo)準(zhǔn)是： 1)single-cell 測序數(shù)據(jù)要和bulk-seq數(shù)據(jù)的相關(guān)性高（相關(guān)性分析）；2)測序深度，測序數(shù)據(jù)量要夠（過濾后查看genes和UMI數(shù)量）；3)為避免批次效應(yīng)，作者使用基于熵的測量方法來測定：細(xì)胞最近鄰在不同樣本中的分布有多均勻 (To quantify sample-to-sample variation and the extent of possible batch effects, we developed an entropy-based approach to measure how evenly cells nearest neighbors are distributed among different samples)。

Protocol procedure（如下圖）

1)single-cell 測序數(shù)據(jù)要和bulk-seq數(shù)據(jù)的相關(guān)性高（相關(guān)性分析）；2)測序深度；

3）數(shù)據(jù)均勻度

總結(jié)，1）單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)和bulk相關(guān)性高，說明單細(xì)胞測序數(shù)據(jù)可以代表樣本的情況，證明方法科學(xué)可靠；2）通過過濾后，得到足夠多的具有一定測序深度的細(xì)胞數(shù)以及UMI，說明測序過程良好，數(shù)據(jù)量夠，證明數(shù)據(jù)可靠；3）通過數(shù)據(jù)處理，消除批次效應(yīng)后發(fā)現(xiàn)，有性別，基因型以及疾病等級會一定程度上影響細(xì)胞的均勻程度，但這恰恰是真實情況，描述即可。大的單細(xì)胞文章都會把這部分放在補充材料中，這篇文章也不例外。

為了提供一個全面的唾液腺細(xì)胞圖譜，也可以作為一個適當(dāng)?shù)膮⒖寄[瘤的背景， 作者對control組（唾液腺）的單細(xì)胞數(shù)據(jù)集進(jìn)行了cluster，并根據(jù)已報道的marker來定義每一個細(xì)胞簇（上圖b） 。同樣他們也發(fā)現(xiàn)了一些性別依賴的marker，以及不同細(xì)胞的marker，這些數(shù)據(jù)放在了補充材料中。之后 進(jìn)行免疫熒光染色，確定不同細(xì)胞和表達(dá)不同的marker（下圖b），并根據(jù)這些結(jié)果并繪制出解剖結(jié)構(gòu)圖（上圖c）。 作者還發(fā)現(xiàn)，隨著時間的變化，細(xì)胞proportion也會隨之變化（補充材料）

小結(jié)：這些結(jié)果提供了cluster結(jié)果，這是常規(guī)做法，亮點在于解剖結(jié)構(gòu)圖的繪制，且解剖結(jié)構(gòu)圖還經(jīng)過免疫熒光染色驗證（如果能有連續(xù)切片的HE染色結(jié)果則數(shù)據(jù)完整性和說服力更好）。

注意，本文亮點 。作者將control組和double mutant (DM) 的單細(xì)胞數(shù)據(jù)都放在一起，原樣又做了一次cluster，誒，發(fā)現(xiàn)有一群細(xì)胞是在tumor中特有的。發(fā)現(xiàn)，在腫瘤環(huán)境中具有獨特轉(zhuǎn)錄特征的上皮細(xì)胞簇，包括管腔樣細(xì)胞和基底樣細(xì)胞，以及小而獨特的癌癥干細(xì)胞(CSC)樣群，其中Wnt特異性基因被激活（如下圖）。并發(fā)現(xiàn)少數(shù)基因是在tumor-specific族群中是特異表達(dá)的。

利用在單細(xì)胞數(shù)據(jù)挖掘中得到的marker，使用免疫熒光驗證后發(fā)現(xiàn)，這些高表達(dá)細(xì)胞確實在腫瘤中出現(xiàn)，可以證明這些gene是tumor-specific的（如下圖）。在這里，作者可以明確，他們提出了一個tumor-specific的gene set。

小結(jié)：做單細(xì)胞cluster誰都會，但是結(jié)合細(xì)胞的實際空間位置去尋找特異細(xì)胞簇是非常聰明的做法，有免疫熒光的結(jié)果驗證gene set，使得gene set不僅僅是RNA水平，同時上升到了蛋白水平，更具說服力。

在做cluster分析的時候，作者已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了 immune，basal細(xì)胞簇是在DM組中比例大，且acinar在control中比例大 （如下圖），引起作者的注意，并往immune cell這方面繼續(xù)挖掘。

對于可以固定住的細(xì)胞，做免疫熒光是可行的方法，但是對于免疫細(xì)胞則相對困難，在這里作者想到了 CITE-seq（參照上面介紹）

發(fā)現(xiàn)： CITE-seq的結(jié)果和scRNA-seq的結(jié)果確實是重疊的，再一次從蛋白水平驗證了scRNA-seq的結(jié)果 ，同時還計算了immune cell proportion的變化，證實DM組中的免疫細(xì)胞數(shù)量都高于control組，說明腫瘤周邊的免疫細(xì)胞更多，免疫微環(huán)境處于激活狀態(tài)（如下圖）。提示TAMs是廣泛而連續(xù)的功能狀態(tài)和分化狀態(tài)，而不是一個明確的極化腫瘤支持與腫瘤抑制模型。

小結(jié)：多組學(xué)結(jié)合之CITE-seq

將某個特地細(xì)胞群做subclustering也是常規(guī)操作。根據(jù)先前的結(jié)果，有一群tumor-specific的細(xì)胞，是非常適合拿來再分析的 （如下圖）。

通過subclustering，作者分出了CSC1 CSC2兩個群體，并且發(fā)現(xiàn)了它們特異的gene-set （如下圖1）。同時發(fā)現(xiàn)basal tumor相較于normal，basal tumor具有EMT和matrisome的gene表達(dá)特征，并用熒光染色驗證EMT是早期basal tumorigenesis的特征（如下圖 supplementary figure 10）。

小結(jié)：根據(jù)前期研究結(jié)果，將proportion異常的細(xì)胞群拿來再cluster是常規(guī)操作，使用免疫熒光驗證gene set則是不易。

總結(jié)：basal細(xì)胞在分化為luminal-like細(xì)胞之前，在β-catenin激活和Bmpr1a功能喪失的情況下，腫瘤的發(fā)生由EMT的信號啟動，并表現(xiàn)為Wnt差異信號驅(qū)動的CSC細(xì)胞的異質(zhì)性（如下圖所示）。

這篇文章第一次粗略看+做5頁內(nèi)PPT大花費3小時。這次是第二次看，邊看邊整理出這篇文章，花費約7個半小時。收獲很大，第二次看比第一次更細(xì)，且終于可以理解文章的大部分細(xì)節(jié)和思路，這對我們來說是最重要的。精讀對了解一個陌生領(lǐng)域非常重要。

三、爆震傳感器怎么測量好壞呀？

1、傳感器電路電壓的檢查。關(guān)閉點火開關(guān)，等待10s之后，拆下爆燃傳感器的接頭，測量車上線束接頭上信號輸出端子KS和信號回路端子SIC，RTN之間的直流電壓，其值應(yīng)符合規(guī)定，否則說明EEC－IV模塊或線路有故障；

2、傳感器功能的檢查。其檢查方法有兩種：當(dāng)發(fā)動機運轉(zhuǎn)時，連接好傳感器導(dǎo)線，緩慢地提高發(fā)動機轉(zhuǎn)速至3000r/min，同時用萬用表交流電壓擋測量。如果電壓隨之升高，則說明傳感器可能有故障；

3、在發(fā)動機運轉(zhuǎn)時，連接好傳感器導(dǎo)線，用1209的錘子輕輕地敲擊排氣管，同時用萬用表交流電壓擋測量。如果電壓指示值發(fā)生波動，則說明傳感器可能有故障，發(fā)動機動力不足。

SEQ工程師（seq工程師是什么意思）

爆震的處理

1、不要高擋低速行駛，因為高擋低速行駛時發(fā)動機負(fù)荷增加，增加了提前角，而轉(zhuǎn)速較低，容易產(chǎn)生爆震。

2、及時清洗活塞上積碳，避免長時間低速行駛和怠速運轉(zhuǎn)，適當(dāng)?shù)刈尠l(fā)動機高速運轉(zhuǎn)。

3、經(jīng)常關(guān)注發(fā)動機水溫，避免水溫過高，定期檢查冷卻液水位。同時關(guān)注機油量，定期更換機油。

四、軟件更新問題

根據(jù)您的描述，手機若有了新的固件，會有推送更新通知，固件升級可以對機器的部分功能進(jìn)行優(yōu)化、完善手機系統(tǒng)，使手機系統(tǒng)更穩(wěn)定、更流暢。建議您按照以下方法參考嘗試：

1.通過FOTA升級：手機里設(shè)定--關(guān)于設(shè)備--系統(tǒng)更新--更新，以下是三星官網(wǎng)FOTA的升級方法供您參考：http://skp.samsungcsportal.com/integrated/popup/FaqDetailPopup3.jsp?cdsite=cn&seq=925486

2.通過KIES連接電腦來更新固件，以下是三星官網(wǎng)kies軟件升級的方法供您參考：

http://skp.samsungcsportal.com/integrated/popup/HtgDetailGuide3.jsp?cdsite=cn&seq=10316

3.若通過以上方法不能升級，也可以帶好購機發(fā)票、包修卡和機器送到三星服務(wù)中心，由工程師檢查機器并升級處理。三星服務(wù)中心具體位置請點擊以下鏈接：http://www.samsung.com/cn/support/location/supportServiceLocation.do?page=SERVICE.LOCATION&cid=cn_ppc_support_service_repairnet_120522

以上就是關(guān)于SEQ工程師相關(guān)問題的回答。希望能幫到你，如有更多相關(guān)問題，您也可以聯(lián)系我們的客服進(jìn)行咨詢，客服也會為您講解更多精彩的知識和內(nèi)容。